Бестолковая на первый взгляд штука на самом деле предоставляет ряд уникальных возможностей.
Во-первых, это получение параметров окна. Если приложение, с которым работает кликер, не полноэкранное, то нет никаких гарантий что в следующую сессию оно будет в том же самом месте. Однако благодаря менеджеру окон вы легко узнаете параметры любого окна и сможете их восстановить при необходимости.
Во-вторых, менеджер может управлять прозрачностью (альфа-канал) окон. Как вы знаете, прозрачные окна кликер не видит (вместо этого он видит то что под ними), хотя может по ним тыкать. Однако вы можете выставить 100% альфа и тогда ранее прозрачное окно станет полностью видимо и для кликера и для вас.